Este é mais um daqueles livros que contribuem para a história não somente de Bruce Wayne, mas também de sua família e da sombria e misteriosa cidade de Gotham.
Wayne de Gotham traz para nós um Batman que investiga misteriosos cartões que aparecem na cidade de Gotham. Para desvendar este novo mistério, Bruce precisa fazer um mergulho no passado, não só de Gotham, mas também o de sua família.
Ao ler Wayne de Gotham, conseguimos ter uma imagem dos pais de Bruce Wayne ainda jovens, onde Thomas, que sempre teve uma queda por Martha (que o enxergava apenas como amigo), era um promissor doutor que havia acabado de se formar em Harvard. Ele partiu para o Asilo Arkham para realizar experimentos junto ao Dr. Ritcher.
Além de toda a informação sobre o passado dos Wayne e sua influência sobre Gotham, também vemos um experimento realizado por Thomas, que tinha o intuito de recuperar vilões, tornando-os boas pessoas, mas que acabou dando muito errado. Esse experimento se tornou um mal que influenciou e condenou a cidade, com o aumento e o aparecimento de criminosos de alto nível de violência, sagacidade e inteligência.
Através de registros, Batman vai montando um quebra-cabeça que o leva à solução dos problemas e, ao mesmo tempo, o faz conhecer um pouco da história de sua família, que está enraizada na cidade de Gotham, chegando a um final totalmente surpreendente.